Don't worry, it doesn't suit everyone.
「気にしないで、合う合わないあるからね。」
It's ok, not everyone likes it.
「大丈夫だよ、みんなすきなわけないからね。」
Some people like it and others don't. Its ok.
「気に入ってくれる人いる、気に入ってくれない人もいるさ、大丈夫だよ。」
その時会わなかった相手にかける言葉が+don't worry, it's okなども入れるといり優しい印象だします。
It's natural you can't get along well with some people.
おっしゃられている内容は、以下のようにも表現できると思いました(*^_^*)
例)
Nobody is compatible with everybody.
「全員と相性の合う人なんて誰もいない」
be compatible with ~「~と相性が合う」
It's natural you can't get along well with some people.
「うまく付き合えない人がいるのは自然なことだ」
get along well with ~「~と上手く付き合う」
以上です。
少しでも参考になれば幸いです(*^_^*)