お疲れのところ、ﾚｯｽﾝをしていただいてありがとうって英語でなんて言うの？

「お疲れの所」といってしまうと、ネガティブの意味に捉えられてしまう可能性もあると思ったので、

although you are busy「忙しいかったのに」

と少しニュアンスを変更して、良いレッスンだと付け加えることで、お礼に気持ちを込めてみました＾＾

ポジティブな表現は、多いほうが空いても喜ぶと思いますので、よかったら使ってみてくださいね＾＾

ご参考になれば幸いです。

You must be tired. Thank you for the lesson!
きっとお疲れですよね！レッスンありがとうございます。

もし後からお礼を伝える状況でしたら、過去の表現にして。
You must have been tired. Thank you for the lesson!
お疲れだったと思います。レッスンをありがとうございました。

Thank you very much for fitting me in your busy schedule today.
今日はお忙しい中にレッスンを入れてくださりありがとうございます。

fit - in：（ここでは）〜を都合をつけてスケジュールに入れる