Sorry to keep you waitingは、「あなたを待たせ続けてごめんなさい」といった意味です。
keepは、「保つ」「にしておく」「持ち続ける」「維持する」などの意味があります。
ここで「ある状態をそのまま一定期間保つ」といったニュアンスをもつkeepを入れることで、「ずっと待たせた」というのを強調することになります。
バリエーションとして
Sorry for keeping you waiting
Sorry to have kept you waiting
なども使ったりします。