英語に自信がなかったので旅行会社を使った。って英語でなんて言うの？

「自信がある」は、confident なので、「自信がない」は not confident としましょう。
「旅行会社、旅行代理店」は、travel agency です。

英訳２の organize the trip through ...は「…を通して旅行を計画した」ということ。
英訳３の get help from ...は「…の助けを借りた」ということ。

まず、旅行会社を使ったというのが、手配をお願いした　という場合にも使えるのが　例文１です。
My sister and I didn't have much confidence in English, so we used a travel agency （when we visited NY for the first time five years ago）.
（姉（妹）と私は、5年前に初めてＮＹに行った時、英語にあまり自信がなかったので、旅行会社を使った。）とそのままの訳です。

☆語句の説明
have much confidence in~ ~に自信がある
（その前にnot がありますから、ここでは「～に自信がない」）
travel agency （旅行会社　travel agent とすると「旅行会社の人」となります）
for the first time (初めて）

あるいは、旅行会社を使ったというのが、パッケージツアーを使ったということでしたら、
例文２のように
My sister and I joined a packaged tour （when we went to NY for the first time 5 years ago） since we weren't confident in English.
（直訳・姉（妹）と私は、英語にあまり自信がなかったので、5年前初めてＮＹに行った時、パッケージツアーに参加した）

☆語句の説明
join~ ~に参加する
a packaged tour パッケージツアー
since (~だから＝because, as)
be confident in~ (~に自信がある　例文１の have confidence in~ と同じです）

確かに旅行会社を通したり、パッケージツアーは楽ちんでいいですよね。
私も、昨年初めてロシアに行った時、これまでとはいろいろ勝手が違い、旅行会社を通せば簡単だろうな・・・っという考えが、ちらっと脳裏をよぎったことは否定しません（笑）

ご参考になりましたら幸いです。