「彼のコップはペットボトル」はこのように言います：
He uses a plastic bottle as(for) a cup.
少し言い換えにしましたが、「彼はコップとしてペットボトルを使っています」というニュアンスです。
「コップとして」はas a cupまたはfor a cupと言います。
「ペットボトル」ですが、「ペット」をそのまま英語でpetにすると「動物のペット」の意味になるので、plastic bottleにした方がいいと思います。
He puts everything he drinks in a recyclable bottle.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーHe always drinks from a recyclable bottle.
「彼はいつもペットボトルから飲んでいる」＝「彼のコップはペットボトル」
ーHe puts everything he drinks in a recyclable bottle.
「彼は飲むものはなんでもペットボトルに入れる」＝「彼のコップはペットボトル」
ご参考まで！
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