「~がある」はbe動詞を使って表すのが一番シンプルです。
主語+be動詞+前置詞(in,on,by等)で表します。
A tomato is by the banana.
又はThere is(are)~も「~があります」という意味を
表現できます。
There is a tomato by the banana.
(バナナの側にトマトが1つあります)
There are two tomatoes by the banana.
(バナナの側にトマトが2つあります)
気を付けて頂きたいのは、
There is(are)~の後には所有格(my her)や
theがつく名詞を持ってくることはできないということです。
所有格やtheがつく名詞を使う場合は、
主語+be動詞+前置詞(in,on,by等)で表します。
Her hat is on the desk.
(彼女の帽子は机の上にあります)
×There is her hat on the desk.
There is(are)~は「漠然と~がある」というニュアンスです。
参考になれば幸いです。
「近くにある」は、
"next to"
"near"
"by"
などの表現を使うことが出来ます。
「トマトがバナナの近くにあります。」という場合は、
"A tomato is placed next to the banana."
"be placed"は、「置かれている」という意味です。
"the coffee shop near the train station"
「駅の近くにあるカフェ」
ご参考になれば幸いです。