私はあなたに会いたいがあなたは東京に来ないんでしょ？って英語でなんて言うの？

あなたに会いたいけど、東京には来ないんでしょ？

you won't come to Tokyo, will you?
東京には来ないよね、そうだよね？＝「来ないでしょ？」
付加疑問文の形です。否定文の後に、それに対応する助動詞＋主語を行きます。

もし「来るんでしょ？」と言うのなら
You will come to Tokyo next week, won't you?
来週東京に来るよね、は肯定文です。この場合
最後にwon't youを足します＝「来るんだよね？」

I'd really（ 私は本当に） love to meet up, （ 会いたいんだ）but you really（ でも君はきっと） aren't coming to Tokyo（ 東京に来ない） are you（ だろう）

Even though（ したくても） I'd love to meet you （ 会いたいんだけど）I know（ 分かってる） that you probably（ 君はきっと） won't come to Tokyo（ 東京に来ない んだろう）

・「I wanna see you but you're not coming to Tokyo right?」
（意味)あなたに会いたいんだけど東京来ないんだよね？

<例文>I wanna see you but you're not coming to Tokyo right?/ I'm too busy this month so I can't.
<訳>あなたに会いたいんだけど東京来ないんだよね？/今月は忙しすぎるから行けない。

ご参考になれば幸いです。