部屋中どこを探しても子供の姿が見当たらず、結局、お布団の中に隠れていたのを発見した時に、安堵の気持ちを込めてこのフレーズを言いたいです。
"I just(totally) thought where you have gone off to somewhere."こんな感じでネイティブの方には通じるのでしょうか?
「〜であると思う、考える」としたい場合は、"think (that) 〜" と通常"that節"を後ろに持ってきます。("that" はしばしば省略されます。)
"think" は直接後ろに目的語を取らない動詞です。よって、書かれている "thought where" と言うことはできないので、"thought about/of where"(〜ということを思った、〜について考えた) とします。
さらに、この文型の場合は、that以下の時制を前の時制と一致させる必要があります。よって、"thought" と "went" どちらも同じ「過去形」にします。
「何処かに」は、ここでは「見つけた場所ではないどこか他の所へ」といったニュアンスがあるので、"somewhere else" とすると良いでしょう。