説明の部分を読ませていただきますと “内容はだいたい理解した” の後に、“でも” と言いたいとのことですので、二個目の例では “but” を最後に入れてます。 この後に続けるとすればたとえば、“not in details”（すべての詳細まではちょっと） とか、"I may have missed the point" （要点の全てまではつかめなかったかも）、さらに “I still have a few questions” （疑問、質問は残る） と付け加えるといいと思います。
同時に、“kind of” という言い方はよくネイティブも使う “そのたぐい”、”それに近い” という意味合いを持たせて “完全ではない” という表現をすることがあります。
又は最後の例文のように “理解した” という発言そのものを少し曖昧にさせるテクニックも使えるかもしれません。
一番最初の例では “overall” という単語を使っていますが、これは “全体的に” という単語ですので使い方によっては “なんとなく” という意味としても採用できます。
さらに、“I might need more explanations" （もっと説明が必要かも）と付け加えてもいいかもしれませんね。
「内容はだいたい理解した(けど質問が...)」の正しい英語は「① I get the overall gist, but I want to know.....」。
「内容」は普段「content」ですが、仰る通りこの文脈ではニュアンスが違いますね。
「gist」は便利な単語で、「事の趣旨」を指します。こういう文脈なら是非使っていただきたい素晴らしい単語です。
ちなみに発音は「ギスト」でなく「ジスト」です。
ジュリアン
「内容はだいたい理解した。」
↓
~~~~~~~~~~~~~~~~~~
I get the gist.
~~~~~~~~~~~~~~~~~~
シンプルだし、職場、プライベートの会話でもよく聞くので、覚えておくといいです。
ちなみに「gist」は「大体のこと」を意味します。
「質問がある」を最後につけるならば、以下になります：
~~~~~~~~~~~~~~~~~~
I get the gist, but I have a question.
~~~~~~~~~~~~~~~~~~
質問が複数ある場合はこれですね：
~~~~~~~~~~~~~~~~~~
I get the gist, but I have some questions.
~~~~~~~~~~~~~~~~~~
「I get the gist.」の代わりに使える表現：
~~~~~~~~~~~~~~~~~~
I get the basic idea.
I get it, mostly.
I'm starting to see.
~~~~~~~~~~~~~~~~~~
↓
~~~~~~~~~~~~~~~~~~
I get the basic idea, but I have a question.
I get it, mostly, but I have a question.
I'm starting to see, but I have a question.
~~~~~~~~~~~~~~~~~~
まったく理解できない時はこれ：
~~~~~~~~~~~~~~~~~~
I don't get it at all.
I don't have a clue what you're saying.
It's all Greek to me.（←こちらは「イディオム」に分類される表現で、直訳すると「ギリシア語にしか聞こえない」になるが、実際の意味としては、「私にはさっぱり分からない」、です）
~~~~~~~~~~~~~~~~~~
何回も説明されても分らず、会話に疲れて「帰りたい」という意思を発表したい場合：
~~~~~~~~~~~~~~~~~~
I'm outta here.（「帰る。」）
~~~~~~~~~~~~~~~~~~
日本 
イギリス 
アメリカ合衆国 
