①It doesn't seem to be there, but it is.
そこにあるようには見えないけれど、ある
②It shouldn't exist, but it does.
存在すべきではないけれど、存在する
上記の英文で表現できます。
「存在しなさそうで存在する壁が、日本人と他国籍の方の間にはある」
と言いたい場合は
There is a barrier between Japanese people
and people of other nationalities that shouldn't exist, but does.
という英文で伝わると思います。
It may not seem to exist, but actually it's there.
既に素晴らしい回答が挙がっていますが、他にもこんな表現もできると思います(*^_^*)
It may not seem to exist, but actually it's there.
「存在しなさそうに思えるかもしれないが、実はそこにある」
seem to V「Vするように思える」
exist「存在する」
actually「実は」
これをご質問の文脈に応用させると、
A barrier between Japanese people and people of other nationalities may not seem to exist, but actually it's there.
のようになります。
以上です。
少しでも参考になれば幸いです(*^_^*)