In that case the government will raise taxes to cover the increase of cost.
主語を government に統一した文です。
「結果的に税金が上がる」は、
the government will raise taxes(政府が税金を上げる)
「政府の負担が大きくなって」は、税金を上げる原因が負担増大なので、
to cover the increase of cost(コストの上昇を補うために)
と続ける形です。
「結果的に」に当たる表現はありませんが、
In that case the government will raise taxes to cover the increase of cost.
と言えば増税が結果であることは明らかです。