連絡バスはフェリーの到着時間に合わせて運行しています。って英語でなんて言うの？

「連絡バス」は "connecting bus" と表します。connecting" は「(交通機関の)乗り継ぎの」という意味です。

"run" は、ここでは「(輸送機関が定期的に)運行する、走行する」という意味になります。

"in time for 〜" は「〜に間に合うように、〜に遅れずに」ということを表し、「到着時間に間に合うように/合わせて」となります。

「到着時間」は "arrival time" で、"time of arrival" と言うこともできます。

「フェリー」は "ferry" や "ferryboat" と表現します。

• "The shuttle bus operates according to the ferry's arrival times."
  直訳すると「シャトルバスはフェリーの到着時間に合わせて運行しています」という意味になります。operatesは「運行する」、according toは「～に従って」、arrival timesは「到着時間」を意味します。
  例: "The shuttle bus operates according to the ferry's arrival times. Please check the schedule for details."

• "The connecting bus runs in sync with the ferry's arrival times."
  「連絡バスはフェリーの到着時間に同期して運行しています」という意味になります。runsは「運行する」、in syncは「同期して」という意味です。
  例: "The connecting bus runs in sync with the ferry's arrival times, ensuring you won’t miss your connection."