電話をかけてきた理由が知りたいということだと思いますので、簡単に言うとするなら、Why did you call me? (どうして電話してきたの?)で良いかと思います。
ただ、Why ~ ? を使うと、言い方や文脈によって、「一体なんで電話なんてしてきたの?」という問い詰める言い方になる可能性もあります。
2番目の、What was your call about? (電話は何についてだった?)でしたら、そのように取られることはないかと思います。
次のような感じで言えば、自然な会話になると思います。
Sorry, I couldn't answer your call, but what was it about?
(ごめん電話取れなかったけど、何についてだった?)
お役に立てれば幸いです。
Did you call me?
あなたが電話してくれたの?
Why did you call me?
どんな用で電話かけてくれたの?
Sorry, that I missed your call last night. Why did you call me?
昨日電話に出れなくてごめんなさい。どんなご用があったの?
ご参考になれば幸いです。