Something, a great force that we could not know worked and tried to cover up the case in the dark.
Something「何か」
a great force「大きな力」
that 関係代名詞
we could not know「我々の知り得ない」
worked「働いて(働いた)」
tried to「~しようとした」
cover up「葬りさる(悪事などを〉包み隠す、もみ消す)」
the case「事件」
in the dark「闇に、暗やみに(in darknessでもOK)」