We would like to consolidate our help centers (into one).
We plan to centralize our inquiry desk for a smoother system.
Junkoさん、こんにちは。
「一本化する」にはいくつかの英訳があります。
＝＞Unify; Centralize; Integrate; Consolidate
どれも使えますが、使い方やニュアンスがそれぞれほんの少し違います。
ここの文脈でconsolidateが一番自然だと思います。まとめるというニュアンスになります。
問い合わせ窓口 ＝ help desk; inquiry desk（米); enquiry desk(英); help center（米）；help centre (英）
We would like to consolidate our help centers (into one).=
我々は問い合わせ窓口を（一つに）まとめることをしたいです。
We plan to centralize our inquiry desk for a smoother system.＝
よりスムーズな制度の為、我々は問い合わせ窓口を一本化することを計画しています。
ご参考になれば幸いです。
for your convenience, starting XX, our customer service will deal with all kinds of your inquiries.
体制の変更を伝えるので、ある日付（上の文では XX の部分）からと明示した上で、
顧客窓口（customer service）が、
すべての問い合わせ（all kinds of inquiries）に対応する（deal with）という言い方で「一本化」を表しています。
「仕事をスムーズにします」は for your convenience（便宜をはかるため）というのもいいでしょう。
なお、お尋ねの unify を使ってもいいと思いますが、窓口の一本化にはやや重い感じもします。
また、one stop service で典型的なのは金融機関で預金、保険、証券など種類のことなる商品を同じ窓口で扱うような場合で、問い合わせ窓口を一本化するようなこととは少し異なる表現です。
centralize our customer support/service desk
お客様窓口を一つに統一する
centralize は「一つにまとめる」という意味で使うことができる英語表現です。
例：
To provide better service for you, we are going to centralize our customer support desk.
お客様により良いサービスを提供するため、お客様窓口を一本化します。
お役に立ちましたでしょうか？
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