You will take care of it (work) while you are away?
You will take care of the project while you are gone?
不在の間: when you are absent/away/on holiday/on leave
担当する：person in-charge, person responsible
例：
当方が来週まで不在の間、田中さんに（〇〇電話番号）にご連絡ください。
Please contact Mr.Tanaka while I am away until the next week.
ご参考まで。:）
While you're absent, who will be in charge of this project?
おっしゃられている内容は、以下のようにも表現できると思いました(*^_^*)
While you're absent, who will be in charge of this project?
「あなたが不在の間、誰がこのプロジェクトを担当する予定ですか？」
以上です。
少しでも参考になれば幸いです(*^_^*)
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