You will take care of it (work) while you are away?
You will take care of the project while you are gone?
不在の間: when you are absent/away/on holiday/on leave
担当する:person in-charge, person responsible
例:
当方が来週まで不在の間、田中さんに(〇〇電話番号)にご連絡ください。
Please contact Mr.Tanaka while I am away until the next week.
ご参考まで。:)
While you're absent, who will be in charge of this project?
おっしゃられている内容は、以下のようにも表現できると思いました(*^_^*)
While you're absent, who will be in charge of this project?
「あなたが不在の間、誰がこのプロジェクトを担当する予定ですか?」
以上です。
少しでも参考になれば幸いです(*^_^*)