We're behind because the project was not properly organized in the beginning.
Poor planning has made it difficult for us to stay on schedule.
The way this project was set up, it's no surprise that we're struggling now.
英訳① behind には「（予定より）遅れて」という意味があります。
英訳② 使役動詞make を使った make it ...は「（それを）…にする」。make it difficult なら「難しくする」となります。
英訳③ 「このプロジェクトの準備段階のことを考えると、いま問題を抱えているのは当然です」という文です。
it's not surprise that ...は「…であることは驚きではない」、つまり「当然である」という意味の表現です。
アメリカ合衆国 
