書いてくれた例文では、「make funny faces」だけで大丈夫です。
「現在、絶賛風邪ひき中で声が出ないので、しばらく顔芸にて意思疎通致します。あしからず。」
I have a terrible cold and my voice is going, so for a while I'm just going to communicate by making funny faces. Sorry.
through one's facial expressionsは「顔の表情を通して」という意味です(*^_^*)
なので、これを使えば、
I'm just going to communicate through my facial expressions for a while.
となります。
おっしゃっている文脈では、これも使うことができるかなと思いました(*^_^*)
ただ、元の日本語にあるような面白い響きはないので、補足程度にお考え下さいm(__)m