どちらのフレーズも「失敗する確率」という意味になります。
「失敗する確率が低い方法を選ぶ」と言いたい場合は:
Choose a method that has less chance of failing.
Choose a method that has less possibility of failing.
少し言い方を変えて、Choose a method that's less likely to end up in failure. (失敗と終わる確率が低い方法を選ぶ。)という言い回しも良いと思います。
逆に「成功する確率が高い方法を選び」と言いたい場合は:
Choose a method that has a better chance of succeeding.
Choose a method that has a higher possibility of succeeding.
少しでもお役に立てれば幸いです。
ありがとうございました。