The present situation at work simply does not allow me to get hospitalized.
「通院での治療を続けて頂けると助かります」の部分は、次のような文が参考になろうかと思います。 なお、「薬」は、入院と通院の対比の上では必須でないと思いましたので、含めておりません。
I'd appreciate it if you continue to treat me on an outpatient basis.
Given my current situation, I can't be hospitalized for six weeks.
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
ご質問について、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
Given my current situation, I can't be hospitalized for six weeks.
とすると、「現在の状況を考えると、6週間も[入院する](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/49424/)ことはできません。」となります。
given my current situation は、現在の事情を考慮するとという意味です。
役に立ちそうな単語とフレーズ
outpatient treatment 外来治療
take medication 薬を服用する
follow up appointment 再診の予約
treatment plan 治療計画
参考になれば幸いです。
日本 
