Unfortunately I can't go, but I appreciate you letting me know
Thanks for the invitation, but I can't go
Unfortunately I can't go, but I appreciate you letting me know=残念ながら行けないけど、知らせてくれてありがとう
Unfortunately=残念ながら
appreciate=感謝する
招待されていないとの事なのでこんなものでしょうか?招待されているけど行けないと告げる場合ですと:
Thanks for the invitation, but I can't go=招待してくれてありがたいんだけど行けないよ
と言いましょう。
invitation=招待