Even though I'm Japanese, thank you for accepting me.
「日本人の私でも、受け入れてくれてありがとう。」は英語で「Even though I'm Japanese, thank you for accepting me.」と言います。文章を作る時「Even though I'm Japanese」は後でも言えますが、その場合だと受け入れていることを感謝することはメインになります。
温かく歓迎してくれて日本人の私でも、受け入れてくれてありがとうございます。
Even though I'm Japanese, thank you for warmly welcoming me and accepting me.