まず、ご質問の趣旨としては、「注文や仕事の未処理分」を問題にしていると思いますので、ここでの「在庫」は、”backlog”と表現するのが良いでしょう。
次に、会計年度が3月に終わることを別の文とすることで全体の構成が楽になりそうです。
以上を踏まえると、
Our fiscal year begins in April and ends in March. So, we have to minimize backlog of orders at the end of March. （会計年度は4月に始まり、3月に終わります。従って、3月末時点での未処理受注分を最小限にしないといけない。）
We aim to keep the stock carried over from March to April to a minimum.
注文と出荷に関する会計年度の始まりと終わりを強調することが重要です。この文脈では、「繰り越す在庫」は「carried over stock」と表現できます。また、「最小限にしたい」は「aim to keep...to a minimum」で表現できます。
ですので、「3月→4月に繰り越す在庫を最小限にしたい」を英語で表現すると、「We aim to keep the stock carried over from March to April to a minimum.」となります。
「3月までに受注した注文は、予定を変更することなく2018年/3月末までに出荷したい。」という要望は、「We want to ship all orders we received by March, as scheduled, by the end of March 2018.」となります。
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