靴を履いたままで上がらないで！迷惑になっちゃうよ。って英語でなんて言うの？

Don't step on the mat with your shoes on!
靴を履いたままマットにのらないの！
→with your shoes on：靴を履いたままの状態で

Take off your shoes when you step on it!
これに乗る時は靴を脱ぎなさい！
→逆に「脱いであがりなさい」という表現をしてもよいかもしれませんので、参考になさってください。

Don't step in with your shoes on! It will cause trouble. 「靴を履いたままで上がらないで！迷惑になっちゃうよ。」

具体的な例文として： Watch out! Don't step on the mat with your shoes on! It will cause problems. 「気をつけて！靴を履いたままでマットを踏まないで！問題になっちゃうよ。」