Don't step on the mat with your shoes on!
靴を履いたままマットにのらないの!
→with your shoes on:靴を履いたままの状態で
Take off your shoes when you step on it!
これに乗る時は靴を脱ぎなさい!
→逆に「脱いであがりなさい」という表現をしてもよいかもしれませんので、参考になさってください。
Don't step in with your shoes on! It will cause trouble.
Don't step in with your shoes on! It will cause trouble. 「靴を履いたままで上がらないで!迷惑になっちゃうよ。」
具体的な例文として: Watch out! Don't step on the mat with your shoes on! It will cause problems. 「気をつけて!靴を履いたままでマットを踏まないで!問題になっちゃうよ。」