I hope I'll be in your class again in third grade.
I hope I'll be in your class again in my third year.
I hope I'll be in your class again in my junior year.
こんにちは。
I hope I'll be in your class again で「またあなたのクラスになれるといいな(なれることを願っています)」と言えます。
「三年生」は例えば小学校なのか大学なのかで言い方が異なりますが、in my third year(第3学年)と言えばどれにも対応できます。
小学校の場合は third grade ということが多いです。アメリカでは中学校は三年生までないところが多いので、基本は seventh grade(中1)、eight grade(中2)のように言います。高校は4年間が一般的で、一年生から freshman、sophomore、junior、senior と言います。大学も高校と同じ呼び方をします。
ただ、日本の中学や高校ではこの呼び方が適さないことの方が多いので(中学校は3年、高校も3年が一般的なので)、日本の中高の先生に言う場合は third year と言うのが無難かと思います。
ぜひ参考にしてください。