little-known で、「あまり知られていない」という意味ですので、It's a little-known fact で、「それはあまり知られていない事実です」という意味になります。
little は、数えられない名詞(不可算名詞)と一緒に使って、「ほとんど〜ない」という意味でよく使います。
We have little water.
(私たちには、ほとんど水がない)
数えられる名詞(加算名詞)に付けるのは few です。
We have few pens.
(私たちには、ほとんどペンがない)
お役に立てれば幸いです。