文脈などにもよりますが「eye」だけでも表せるかもしれません
「瞳の奥」は「目」を強調して言っているだけのことも多くないですか?
第82回アカデミー賞で「瞳の奥の秘密」という
アルゼンチンの映画が外国語映画賞を受賞しました
この映画の英語のタイトルは『The Secret in Their Eyes』でした
例)
The eyes are the window to the soul.
→〔ことわざ〕目は心の窓/目はうそをつけない/目を見ればその人の心がわかる
参考にならなかったらごめんなさい
ありがとうございました
英訳がんばってください!