薬を今まで通り飲んだ方がいいですかって英語でなんて言うの？

処方されている薬を飲む、というのは「薬物治療」を指し、英語では medication と表現します。　また、「今まで通り」というのは as before と表現します。

1番目の英訳例：今まで通り薬物治療を（受け）続けた方が良いですか？
2番目の英訳例：今まで通り薬物治療を（受け）続けるべきですか？

薬の副作用が心配ということですので、英訳例1番目または2番目の後に、I'm worried about the side effects of the medication.というのを付け加えてください。 I'm worried about...で「私は～が心配です」になり、the side effects というのは副作用という意味です。

stillは「まだ」
need to 「~の必要がある」
take「（薬を）服用する」

という意味です。これらを組み合わせてDo I still need to take this medicine?と言えるかと思います。