Is it better for me to continue (to take) the medication as before?
Should I keep (taking) the medication as before?
処方されている薬を飲む、というのは「薬物治療」を指し、英語では medication と表現します。 また、「今まで通り」というのは as before と表現します。
1番目の英訳例:今まで通り薬物治療を(受け)続けた方が良いですか?
2番目の英訳例:今まで通り薬物治療を(受け)続けるべきですか?
薬の副作用が心配ということですので、英訳例1番目または2番目の後に、I'm worried about the side effects of the medication.というのを付け加えてください。 I'm worried about...で「私は~が心配です」になり、the side effects というのは副作用という意味です。