1.ここの「That」は「A社の売り上げの80%はB商品によるものです。」を指しています。
「思っていた」を「Thought(Thinkの過去形)」も使えますが、ここでは、「自分が想定していたより」と言うニュアンスを出すために「Expected(Expectの過去形)」を使っています。
2.「Assume」は「思い込む」、「きめてかかる」「当然のことと考える」と言う意味です。
1番よりももっと想定したニュアンスが強い言い方です。
2番の文は、「I assumed less than what was announced.」の略です。「Than」以降(発表されたものより)は分かりきっているので省略しています。