「二人分の席を使わないでください」って英語でなんて言うの？

訳すと、「二つの席を取るのは、やめていただけますか。」になります。

Could you ~ （〜いただけますか。）は、カジュアルですが、丁寧なフレーズなので、このように何かを他人にお願いする時に使えます。

「席を使わない」は、use seat(s) と表現しても良いのですが、席など、「場所を取る」ような場合は、take up （取る）という動詞をよくネイティブの方は使います。
例えば：
Your stuff is taking up space. （あなたのものが場所を取ってる。）
I need to get rid of my kitchen appliances because it's taking up too much space. （キッチン用品が場所をとりすぎてるので、処分しなくてはいけないです。）

少しでもお役に立てれば、幸いです。
ありがとうございました。

おっしゃられている内容は以下のようにも表現できると思いました(^_^)
Don't take up the space for two people.
「2人分のスペースを取らないでください」

以上です。
少しでも参考になれば幸いです(^_^)