既存のシステムがあるのですが、新しいよく似たシステムを作るので、既存システムの機能を新しい方に統合したい、という意味です。
既存のシステムは、the existing systemとも言えます。
英文は「the new system: 新しいシステム」としましたが、
「(別の)新しいよく似たシステム」と言いたければ
a new system which is similar to the existing one.
としてもいいです。
回答したアンカーのサイト
DMM英会話
・We want to integrate the existing system into another system. 「既存のシステムを別のシステムに統合したいと思います。」
また、他の言い方も紹介します:
・We plan to merge the current system with a new one. 「現在のシステムを新しいシステムと統合する予定です。」
・We aim to incorporate the features of the existing system into a new system. 「既存システムの機能を新しいシステムに取り入れたいと思います。」
・We intend to consolidate the existing system with the new system we're developing. 「今開発中の新しいシステムと既存システムを統合するつもりです。」