I’m sorry I didn’t finish on time. 「[時間通り](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/7575/)に終わらずに[すみません](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/132555/)。」
このように言えば時間が過ぎてしまってすみませんというニュアンスが出せます。
finish on time = 時間通りに終わる
didn't finish on time = 時間通りに終わらなかった
もしくはシンプルに、
I’m sorry to have kept you waiting. 「待たせてしまいすみません。」
と言っても良いのではないでしょうか。
ご参考になれば幸いです。