「あくまで書類上の問題です」= it's just a formality; it's just a problem with paperwork; it's just a paperwork issue; it's just paperwork
「書類上の問題」は実際に「問題」ではない場合は「手続き」= formality; procedure がよく使われます。
本当に問題ではない場合は「problem」および「issue」を使わない方がいいです。
「formality」はビジネスの設定でものすごくよく使われますので、これを安心で使えます。
ご参考までに