Although we do not have any directly managed store in Japan, ●● is a global formal brand that has 100 directly managed stores in total across 30 countries.
質問者さん、こんにちは。
ラグジュアリーブランドなどの、店舗展開の話だと思いますので、その前提で書いています。
"日本でこそ"の、こそを強調したいとのことですが、上記の文でニュアンスは出るかと思います。
もっと際立たせたいのであれば、具体的に地域を絞る、例えば、アジアパシフィックの地域の中で日本だけ、とか、そういう書き方をすれば、”こそ”が際立ちます。
(例) Although we do not have any directly managed store in Japan in APAC region...,
APAC地域の中で日本だけ、直営店がないのですが・・・。
<Vocabulary>
directly managed store: 直営店（グローバルブランドが直接店を出店している）
ご参考になさってみてください。
日本 
