"He takes a long time in the toilet."になります。「take a long time」は「長い時間を使う、かかる」という意味で使われます。トイレに関しての文脈では、人々の反射的な理解で、「大きい方をする時間が長い」という意味になります。
他の例で言えば、「彼は風呂の時間が長い」は"He takes a long time in the bath."、「彼女は化粧する時間が長い」は"She takes a long time to put on makeup."となります。