We are all doing our best は「私たち皆、ベストをつくしています」という意味です。そして We are all doing what we can
は 「私たちは皆 出来ることをやっていますよ」という意味です。
We は自分を含める意味での「私達」を意味します。そして
They は 「彼ら」を意味するので、「彼らは皆ベストを尽くしている」と言いたい場合は “They are all doing their best,”
また 『彼らは皆、出来ることを全部やっている』と言いたい場合は
“They are all doing what they can .” と言えます。