機能的な仕組みを考えてって英語でなんて言うの？

「機能的な」ですぐ浮かぶのは function（機能、機能する）を使った functioing という形容詞の形ですが、やや堅いです。

特に会話では、「機能する」は work、「機能的な」は workable が使われます。

また、「考えて」はただ考えるだけではなく「新しく作る、設計する」ということを求めているので、create や design が適当でしょう。

以上から、create/design a workable system という表現をおすすめします。

「機能的な仕組みを考えて」というのは create a functionable system で表現することができます。

functionable は「機能的な」という意味になります。

このシチュエーションに適切な言い方になると思います。

例文　This system doesn't allow us to reach our goals, so let's create a more functionable one.
「この仕組みが目的を満たさないから、より機能的なのを作りましょう。」

参考になれば幸いです。