困っていることがあるんだよね、って英語でなんて言うの？

「困っていることがあるんだよね〜」という言い方は 日本独特な表現です(少し遠回しな感じ)。
でもそれを英語で言うなら、もっとはっきりと気持ちを伝える必要があります。
その場合は: I need help (助けが必要です)
I need your help.(あなたの助けが必要です)
I have a question. ( 質問があるんだけど…)
ということができるでしょう。

★ 訳
「君に手伝ってもらいたいことがあるんだよ」

★ 解説
　文全体の構造としては There is something. 「何かある」で、主語の something に対して説明が食わられています。

　something「何か」+ I want you to help me with it.「それについて君に僕を手伝ってほしい」

　something that I want you to help me with「君に手伝ってもらいたい何か」

　ご参考になれば幸いです。

MASAさん

ご質問どうもありがとうございます。
下記の言い方ではいかがでしょうか。

Do you think you could help me with something?
・ちょっと手伝ってくれませんか？～

ご参考にしていただければ幸いです。