「困っていることがあるんだよね〜」という言い方は 日本独特な表現です(少し遠回しな感じ)。
でもそれを英語で言うなら、もっとはっきりと気持ちを伝える必要があります。
その場合は: I need help (助けが必要です)
I need your help.(あなたの助けが必要です)
I have a question. ( 質問があるんだけど…)
ということができるでしょう。
★ 訳
「君に手伝ってもらいたいことがあるんだよ」
★ 解説
文全体の構造としては There is something. 「何かある」で、主語の something に対して説明が食わられています。
something「何か」+ I want you to help me with it.「それについて君に僕を手伝ってほしい」
something that I want you to help me with「君に手伝ってもらいたい何か」
ご参考になれば幸いです。
アメリカ合衆国 
日本 
ドイツ 
