explain は「説明する」。ここで「言う」の意味になります。
「できない」の「言えない」が can't と言う助動詞になります。
well は「うまく」を表す副詞になります。この種類の副詞は動詞が完成した後につけます。
explain + it (説明するの目的語「そのこと」と意味する it) --> well
It’s pretty hard to explain so please don’t mind. It’s not a big deal.
I can’t find a right word right now. Please don’t think too hard.
ちょっと背景が見えていないので、適切な回答ができるかわからないですが、相手があなたの考えていることを知りたいと突っ込んできたけれど、うまく言葉にできないので、そのまま流してほしいということでいいでしょうか?
It’s pretty hard to explain so please don’t mind. It’s not a big deal.
【訳】説明するのが難しいので気にしないでください。そんな大したことじゃないんで。
I can’t find a right word right now. Please don’t think too hard.
【訳】今はうまい言葉が見つかりません。深く考えないでほしいです。
ほんの一例ですので、状況が違えば表現もまた異なってくると思います。ご参考になれば。