Wait, What do you mean?/Huh? What are you talking about?
【めちゃくちゃな時】
Wait, What do you mean?
え、どういう意味ですか?
ここでは、言ってる事が無茶苦茶で呆れている”どういう意味ですか?”でも使えます。
Huh? What are you talking about?
は?何言ってんの?
Huh?はかなり、失礼なので人を決めながら使うほうが良いと思います。
【難しい場合】
I don't even understand what it says in Japanese.
日本語でも何を言っているかわからないよ。
I don't even know what it means in Japanese.
日本語でもどういう意味かわからないよ。
"even"が入っているので"both=両方"を使わなくても文脈的には通じます。