Thank you for waiting =待っていてくれてありがとう
Thank you for being so patient=辛抱強くいてくれてありがとう
待っていてくれた時の感謝の気持ちを伝えるには上記の二つ、何らかの理由で長く待たせてしまった場合は
Sorry to keep you waiting=待たせてごめんね
と言いましょう。
Thank you waiting for three months. I strongly believe our feelings for each other will stay strong regardless of distance=3ヶ月待っててくれてありがとう。距離があろうとお互いへの強い想いは変わらないと信じている
regardless of〜=〜に影響を受けず
distance=距離
If it's you, I think that our feelings will keep growing stronger with time.
「私のために待っててくれてありがとう」あるい「私を待っててくれてありがとう」は「Thank you for waiting for me」です。
「あなたとだったらこれから先も強く想い合っていけると思う」の直訳は「If it's you, I think that our feelings will keep growing stronger with time.」
でも、もっと自然なのは
「Thank you for waiting for me for 3 months. I hope our feelings continue to grow stronger with time.」
おっしゃられている内容は、以下のように表現できると思いました(*^_^*)
Thank you for waiting for me.
「私を待ってくれてありがとう」
thank you for ~ing「~してくれてありがとう」
wait for ~「~を待つ」
以上です。
少しでも参考になれば幸いです(*^_^*)