There’s a certain direction は 直訳すると「特定の方向があるんだね」という意味です。
There’s a certain way は 「特定の方法/やり方 があるんだね」という意味です。
例えば、子供と太鼓をあそぶときに、「特定の向きを向かないといけないんだね」と言いたい場合は、 “ I guess there’s a certain direction I need to face.” また “ I guess there’s a certain way I need to face.” と言えます。
また、手紙をポストに入れる時に「向きがあるよ」と教えてあげたいときは
① “ There’s a certain direction it goes in.”
② “ It only goes in a certain way.”
どっちも (特定な方向じゃないと入らないよ)という意味です。