夜遅くだけど、開講してくれて有難う！･･･って英語でなんて言うの？

「have class」＝「授業をする」という定型表現です。「let us have class」にすると、「私たち（＝生徒と先生）で授業をしてくれて」というニュアンスを伝えることができます。「（for you）」をカッコ書きにしたのは、先生の所在地の時間が遅い場合に「あなた（＝先生）にとってとても遅い時間に」というためです。生徒と先生が同じ時間帯にいる、あるいは生徒側にとっても時間が遅い場合は、（for you）は言わなくて結構です。ご参考にしていただければ幸いです。

ご質問どうもありがとうございます。
様々な表現があると思いますが、いくつか自然な表現を紹介します。

1. Thank you for holding this class at such a late hour.
   こんなに遅い時間に、開講してくれて有難うございます。

2. Thank you for agreeing to do this class at this late hour.
   こんなに遅い時間に、＝開講することに同意してくれてありがとう！

3. We appreciate you doing this class at such a late hour.
   こんなに遅い時間に演習してくれて感謝します。

3番目の「appreciate」はここで、「感謝する」というニュアンスで使われていますが、逐語訳では「観賞する」という意味です。

お好みに合わせて使い分けてみてください！
ご参考にしていただければ幸いです。