旅行代理店を通してパッケージツアーを申し込みしました。
「代理店」は「agency」でよく訳されますので、頭に「旅行」の「travel」をつけるだけです。
同じように:
広告代理店 - an advertising agency
保険代理店 - an insurance agency
総代理店 - a general agency
発売代理店 - a sales agency または a distributor
Weaverさんの仰る通り代理店はagencyを使います。
前を変えれば結構使い回しがききます。