「not yet」は少し短いと思います。代わりにこういう丁寧なフレーズを使えます:
It hasn't gone through yet.
(支払いが完了していない。)
It is still processing.
(まだ手続き中です。)
The transaction is still being processed.
(支払いが完了していない。)
Not yetを使うなら、その後に「少々お待ちください」のようなフレーズを使った方が良いと思います。
Not yet. Please wait a moment.
Not yet. The transaction will be completed soon.
などのフレーズがプロフェッショナルで丁寧です^^