整理をすることは「Organize 」です。
倉庫は、規模によります。
事業用の倉庫は「warehouse」。
家の倉庫は「storage」。
なので、"organize my storage/warehouse"です。
そして、要らないものを捨てることは「throw out stuff I don't need」です。
「倉庫」は英語で "storage room" 、「整理する」は英語で "clear up" または "tidy up" と言うことができます。
例文：
During the weekends, I cleared up the storage room. 「週末に倉庫を整理した。」
I tidied up the storage room since my dad was sick and couldn't do it. 「風邪を引いた父の代わりに私が倉庫を整理した。」
ご参考になれば幸いです。
sort outは「分類する、片付ける」と言うような意味で使われます。
I need to get the stuff sorted out.
（ものを整理しなくちゃ。）
また、sort outは状況に対しても使われることがあり、上記の例文ではただ「stuff: もの、こと」とだけ言っていますので、例えばこれを何か困った状況で言っているなら「この状況をどうにかしなくちゃ」と言う意味になります。
幅広く使える表現ですので、覚えておくと便利かと思います。
参考になれば幸いです。
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