Thanks for taking the time to write me back. I really appreciate your thought.
時間をかけて返信を書いてくれたことにお礼を言いたい、という状況ですね?その場合は「take the time」(時間をかける)という表現を使います。「時間をかけて返信を書いて(くれて)ありがとう」と言って、さらにそのあとで「I really appreciate your thought」(あなたの思いやりに本当に感謝します)と付け加えれば、完璧でしょう。ご参考にしていただければ幸いです。