私が送ったメッセージへの返信をくれた時に、どう書けばうまく伝わるのか時間をかけて考えてくれたみたいで、返信の分量自体は短かったんですが「This took me a half hour to write^^;」と言われ、そんなふうに労力をかけてくれたことにありがとうと言いたいです
時間をかけて返信を書いてくれたことにお礼を言いたい、という状況ですね?その場合は「take the time」(時間をかける)という表現を使います。「時間をかけて返信を書いて(くれて)ありがとう」と言って、さらにそのあとで「I really appreciate your thought」(あなたの思いやりに本当に感謝します)と付け加えれば、完璧でしょう。ご参考にしていただければ幸いです。
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「A Translator in Texas-日本とアメリカで働く翻訳者のブログ」