「ウェイティングリスト」は直訳したら英語では waiting list と言います。
この直訳を使って「ウェイティングリストに入れてくれますか?」は英語ではこのようです。
Can you put me on the waiting list?
ですが、waiting list は実際の学校の入学のウェイティングリストとか、満席のイベントウェイティングリストなどの方に自然です。気になる女性がボーイフレンドがあっていつまでも待つ場合に少し不自然です。
その代わりに I will wait until you break up とか、I will wait until I can date you とか言えますが、少しチャラい感じがしますので、気をつけてください。
ご参考までに。
Can you put me on your waiting list?
あなたのウェイティングリストに入れてくれますか?
I can wait. Put me on your waiting list.
待てるよ。君のウェイティングリストに入れてよ。
「彼氏がいるの」と言われた直後に言えば伝わりますが、後日あらためて言うのであれば、
I know you have a boyfriend but...
彼氏がいるってわかってるけど…
と切り出せば自然に伝わると思います。
Good luck!