確かに日本語で考えると
Where is your final destination?になりますが、
whereは「どこに（で）」という意味ですから
「どの辺にあるのか」という位置情報を
聞くことになってしまいます。
What is your final destination?は、
最終目的地の名前を聞いているので
正しい文になります。
（What is your name?と同じですね）
似たような例として
What is the capital of Japan?
日本の首都はどこ？
があります。
この文も間違って
Where is the capital of Japan?
としないように気を付けて下さい。
参考になれば幸いです。
Where is your final destination?
は最終目的地はどこですか？という意味になります。Whereは場所を表しますのでこの文章で問題ないかと思います。
What is your final destination?
最終目的地は何ですか？になります。
どこと何のちがいかと思います。
またWhat is the purpose of your trip there?
何の目的でそこに行きますか？の方が
Whatで使われるかと思います。
日本 
